TEMPO.CO, Jakarta-Penyerangan terhadap Lembaga Permasyarakatan Cebongan hanya berselang 14 jam setelah empat tahanan yang tewas dipindahkan dari Rumah Tahanan Kepolisian Daerah Istimewa Yogyakarta ke lapas itu. Mirip operasi aparat.

Koran Tempo edisi Selasa 26 Maret 2013 membuat kronologi penyerangan ini dalam cerita komik. Berikut kronologinya:
Jumat
08.15. Kepala Lapas Cebongan, Sukamto, mendapat informasi bahwa 11 tahanan akan dititipkan oleh Polda DIY ke Cebongan.
12.30. Sukamto mendapat laporan dari anak buahnya bahwa, dari 11 tahanan, ada empat tahanan berkaitan dengan pembunuhan anggota Komando Pasukan Khusus, Sersan Satu Santoso.
13.30. Kepala Lapas meminta penambahan personel keamanan kepada Kepolisian Resor Sleman dan Mlati. Polisi menjamin akan ada pengamanan tertutup.
18.30. Sukamto mendapat informasi dari anak buahnya bahwa ada gerombolan sedang masuk ke Yogya terkait kasus pembunuhan anggota Kopassus. Dia langsung berkoordinasi dengan anak buahnya untuk meningkatkan keamanan.
23.00. Kepala Lapas Cebongan menghubungi Kepala Kantor Wilayah Hukum dan HAM Yogyakarta Rusdianto. Dia mengusulkan agar kepolisian menambah jumlah personelnya di Cebongan. Rusdianto berjanji akan menelepon Kepala Polda Brigadir Jenderal Sabar Rahardjo.
23.30. Rusdianto menghubungi Kepala Polda DIY, tapi teleponnya mati. Ia lalu menghubungi Direktur Narkoba Polda DIY dan meminta penambahan personel polisi di Cebongan.
Sabtu
00.30 WIB. Penyerangan sekitar 15 menit itu terjadi. (Lihat juga:
Operasi Buntut Kuda Penjara Cebongan Sleman)
- Sekelompok orang bersenapan laras panjang datang dengan lima minibus Toyota Avanza dan Innova. Ada juga saksi yang melihat lima orang mengendarai sepeda motor.
- Lima belas orang di antaranya melompati pagar yang tingginya tak sampai 1,5 meter. Sekitar 2-5 orang berjaga di luar penjara.
- Satu orang menggedor gerbang penjara dan menyodorkan surat meminjam tahanan.
- Setelah mengancam akan meledakkan Lapas, 15 penyerang masuk ke ruang portir. Di sana mereka sempat menyiksa delapan sipir.
- Dari ruang portir, sebagian menyebar. Ada yang menuju ruang Kepala Lpas untuk mengambil kamera CCTV. Ada juga yang menjemput Kepala Keamanan Lapas Margo Utomo untuk mengambil kunci blok dan sel empat tahanan yang diincar.
- Empat penyerang masuk ke blok empat tahanan itu. Tapi hanya satu yang masuk ke sel dan menembak empat tahanan itu.